В конце 1920-х гг. Цыбиков уехал в родное село Урдо-Ага возле Агинского дацана, где стал вести животноводческое хозяйство и даже вывел новую породу овец. В память об отце, который дал ему дорогу к знаниям и интересной жизни, он поставил возле дома ступу, в основание которой поместил священный тибетский клад «бумба»: по девять благородных металлов, драгоценных камней, круп и лечебных трав. В 1929 г. хозяйство Цыбикова попало под программу раскулачивания. А через год профессор скончался.
О его смерти до сих пор ведутся споры. По самой известной версии, Цыбиков был похоронен по старому бурятскому обычаю, на поверхности земли: тела умерших пеленали кусками ткани и прикрывали ветвями деревьев или камнями. На другой день родственники обнаружили, что могила разрыта, а тело профессора обезглавлено. Говорили, что из черепа Цыбикова сделали габалу – ритуальную чашу для ламаистских обрядов. Для этой цели подходила голова только очень учёного и уважаемого человека, а Цыбиков, ко всему прочему, был ещё и благословлён самим Далай-ламой. По воспоминаниям местных жителей, незадолго до смерти профессора в селении появились неизвестные ламы – предположительно, из Тибета. Была ли то месть тибетских лам за открытие всему миру их тайн или это было содеяно местными, агинскими, так и осталось неизвестным. Чашу искали, но так и не нашли.